Funkcję Instytucji Zarządzającej Programem Regionalnym pełni Zarząd Województwa Zachodniopomorskiego, którego aparatem pomocniczym jest Urząd Marszałkowski Województwa Zachodniopomorskiego. Zadania Instytucji Zarządzającej w perspektywie 2014-2020 realizowane są przez odpowiednie komórki organizacyjne Urzędu takie jak: Wydział Zarządzania Strategicznego oraz Wydział Wdrażania Regionalnego Programu Operacyjnego.
Kompetencje w zakresie zarządzania programem są bardzo szerokie – począwszy od jego opracowania, poprzez wybór projektów do dofinansowania [link do Kryteria oceny projektów], zlecanie płatności na rzecz beneficjentów i weryfikację poprawności ponoszonych przez nich wydatków, aż po całościowe monitorowanie postępów realizacji programu i weryfikację osiąganych celów.
Szczegółowy wykaz zadań wykonywanych przez Instytucję Zarządzającą obejmuje:
- Przygotowywanie propozycji kryteriów wyboru projektów do dofinansowania;
- Wybór projektów do dofinansowania;
- Zawieranie z wnioskodawcami umów o dofinansowanie projektu lub podejmowanie decyzji o dofinansowaniu projektu;
- Zlecanie płatności na rzecz beneficjentów;
- Zapewnienie aktualności i poprawności danych służących do monitorowania realizacji programu;
- Pełnienie funkcji instytucji certyfikującej;
- Prowadzenie kontroli realizacji programu, w tym weryfikacja prawidłowości wydatków ponoszonych przez beneficjentów;
- Nakładanie korekt finansowych;
- Odzyskiwanie kwot podlegających zwrotowi (np. środków niewykorzystanych, odsetek, należności do zwrotu w związku z nieprawidłowościami);
- Ewaluacja programu;
- Monitorowanie postępów realizacji programu;
- Zapewnienie informacji o programie i jego promocja.
Instytucja Zarządzająca w perspektywie 2014-2020 przekazuje część swoich zadań do realizacji Instytucjom Pośredniczącym. Ciągle jednak zachowuje pełną odpowiedzialność za całość realizacji programu.
Zasady działania i obowiązki Instytucji Zarządzającej zostały określone w ustawie z dnia 29 sierpnia 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014 – 2020 (rozdział 4).